Nam châm siêu dẫn được chế tạo bằng cách sử dụng hiện tượng điện trở của vật liệu siêu dẫn giảm xuống 0 ở một nhiệt độ nhất định. Chúng thường được làm bằng vật liệu hợp kim niobium-titan và được làm mát bằng helium lỏng (4,2K). Khi có dòng điện đi qua cuộn dây nam châm thì tạo ra từ trường, ngắt nguồn điện tạo thành từ trường ổn định và đều. Nam châm giữ cho cuộn dây ở dưới nhiệt độ tới hạn thông qua chất làm lạnh và không cần nguồn điện bổ sung.

Nam châm siêu dẫn có thể tạo ra cường độ từ trường cao hơn, độ ổn định từ trường tốt hơn và độ đồng đều từ trường tốt hơn. Điều này có nghĩa là chất lượng hình ảnh tốt hơn, tỷ lệ tín hiệu trên nhiễu, độ tương phản và độ phân giải tốt hơn cũng như tốc độ chụp ảnh nhanh hơn.

Nam châm siêu dẫn thông thường thường có cấu trúc hình thùng, dễ gây ra hiện tượng "sợ bị nhốt" và không có lợi cho việc bác sĩ thao tác và quan sát các dấu hiệu của thú cưng khi được gây mê. Ngoài ra, do nam châm siêu dẫn thông thường có từ trường tản lạc lớn hơn nên cần có diện tích lắp đặt thiết bị lớn hơn.